1.分泌褪黑素，抑制垂体促卵泡激素和黄体生成素的分泌，并分泌多种具有很强的抗促性腺激素作用的肽类激素，从而有效地抑制性腺的活动和两性性征的出现。若松果体受到破坏，则会出现早熟和生殖器官过度发育。
2.分泌低血糖因子，其作用时间比胰岛素长，可达24小时。
3.松果体的活动显示出明显的周期性，一昼夜中褪黑素的分泌量随光照而减少，随黑暗而加多，据研究这可能影响睡眠和醒觉等活动。此外，松果体的活动还呈现月、季、年的周期，科学家们认为松果体可能通过这种方式向中枢神经系统发出“时间信号”，从而影响机体的“生物钟”。