1、柯萨奇病毒A型感染
潜伏期1～3天，上呼吸道感染，起病急，流涕、咳嗽、咽痛、发热，全身不适。典型症状为疱疹性咽峡炎，即在鼻咽部、会厌、舌和软腭部出现小疱疹，黏膜红肿，淋巴滤泡增生、渗出，扁桃体肿大，伴吞咽困难，食欲下降。皮疹可为疱疹和斑丘疹，主要分布于躯干外周侧、背部、四肢背面，呈离心性分布，尤以面部、手指、足趾、背部皮疹多见，故称手、足、口三联症。柯萨奇病毒A型感染儿童多见。临床表现除上述外，主要特点为急性发热、皮疹。脑膜脑炎伴有Guillain-Barré综合征和急性病毒性心肌病。
2、柯萨奇病毒B型感染
引起特征性传染性胸肋痛即所谓Bornholms病。可合并脑膜脑炎、心肌炎、发热、肝炎、溶血性贫血和肺炎。