发布时间:2021-12-03 10:35 原文链接: 标准核酸序列的使用和维护

  标准核酸序列的使用

  将按DNA测序技术指导原则测定得到的供试品DNA序列与标准核酸序列进行计算比对,进而结合判定标准进行种属鉴别或鉴定。判定标准的制定应考虑不同物种的变异范围,并在相应通则或品种项下予以明确。核酸序列比对方法一般建议根据样品特点从以下三种方法中选择采用。

  1.BLAST法

  将待测样品核酸序列与标准核酸序列数据库进行比对,根据匹配分值来确定样品对应的物种。

  2.遗传距离法

  计算待测样品核酸序列与数据库序列之间的遗传距离,根据遗传距离值来确定样品对应的物种。

  3.系统发育树法

  比对标准核酸序列数据库内多样本序列,计算物种种属内和种属间遗传距离,构建系统发育树,根据聚类情况确定样品对应的物种。

  标准核酸序列应在规定的适用范围内使用。如果作为其他目的使用,其适用性由使用者自行决定。

  标准核酸序列的维护

  标准核酸序列的建立单位应建立常规的质量保障体系,对其发行的标准核酸序列进行定期监测,确保标准核酸序列的及时更新。

  标准核酸序列的数据存储由国家药典委员会统一管理。存储的数据应包含样本来源、提供单位、引物信息、原始测序峰图文件、核酸序列等关键信息,以及可用于样本物种鉴别或鉴别的其他有用信息。