通常snRNA不是游离存在，而是与蛋白质结合成复合物，成为小核核糖核蛋白颗粒（small nuclear ribonucleoprotein particle, Sn RNP)。
snRNA不参与蛋白质合成活动，其重要功能是在RNA进行加工方面具有重要作用。
U3 snRNA与核仁内28S rRNA的成熟有关，而U1则是在核液中与前体mRNA的剪接加工有关。
snRNA中的蛋白质部分具有核酸酶和连接酶活性，能把转录在内含子-外显子接点处切断，并把两个游离端连接起来。
