真菌是固体发酵最普遍被使用的微生物，因其菌丝如同植物的根能在固态表面生长，并渗透到基质内，产生多样的胞外酵素能力，比起其他单细胞的细菌及酵母菌，更适合固体发酵的环境。
原生态固体发酵优越性
1、固态基质常为大分子化合物，如淀粉、纤维素、半纤维素、果胶、木质素、蛋白质和脂质等，真菌常能分泌这类的胞外分解酵素而利用其周围的培养基质作为碳源（单糖、双糖、低聚糖和多糖等碳水化合物）及氮源（如黄豆饼粉、花生饼粉、棉子饼粉、水解植物蛋白、蛋白胨、氨基酸、酵母粉、酵母膏、麦麸等）；
2、菌丝的生长模式优於单细胞的生长方式，菌丝顶端延伸并分枝产生新的菌丝端，能迅速覆盖固体基质表面而有效利用基质；
3、菌丝有分隔者，能透过孔洞(septal pore)传送物质，遇危险则孔洞自动封住，以避免细胞质流失；若为无分隔者，其细胞质内物质的传送迅速而使菌落快速繁衍；
4、菌丝的生长渗透到固体培养基的力量强，形成很高的机械压力，配合尖端分泌的水解酵素，使穿入固体基质容易；
5、选用的基质重金属、农残低，具有可控性；
6、活性成分种类多，含量高。
原生态固体发酵的局限性
1、生产周期长（120天~270天）；
2、占地面积较大，劳动强度较高，生产成本较高。