1、立即停用抗生素或调整抗生素
大约22%的病例在停用抗生素后3 d内临床症状缓解。
2、补充益生菌，恢复肠道正常菌群
AAD主要是由于肠道菌群紊乱所致，因此可采用益生菌制剂来恢复肠道正常菌群，通过改进肠道屏障功能和免疫刺激作用来健全保护机制，通过合适的、恰当的免疫反应（免疫调节和免疫耐受）来维护宿主健康，临床应用收到良好效果。常用益生菌包括：双歧杆菌、乳杆菌、嗜热链球菌、酵母菌等的制剂，此外合生元和益生元也有相同或类似作用。
3、加强对症支持治疗
维护水、电解质及酸碱平衡，必要时可输注白蛋白或血浆等。静脉丙种球蛋白可针对CD毒素A和B，可用于严重病例和复发病例。
4、保护肠道粘膜
补充锌等微量元素，避免肠道进一步损伤。
5、针对AAD中特殊细菌感染治疗
以CD感染引起的腹泻（CDAD）的治疗较为困难。对于中度以上及症状持续的患者，予口服甲硝唑或万古霉素，但甲硝唑或万古霉素有停药后多次复发现象以及本身也可以引起难辨梭菌性肠炎的问题。最近受较多关注的有以下两个新药[13]：一是硝唑尼特（nitazoxanide），对难辨梭菌有较强的体外活性且口服给药肠道内浓度高。另一个药物tolevamer，是一个阴离子聚合物，作用机制是结合难辨梭菌毒素A和B。正在研究中的治疗CDAD的药物还有雷莫拉宁（ramoplanin）、OPT?80、rafalazil、CD毒素A和B的单克隆抗体等。Sougioulitzis S等[14]报道用CD毒素A、B制成疫苗治疗复发的CDAD病人。对于念珠菌感染给予制霉菌素、氟康唑等治疗。