1．骨髓抑制剂与甲氧苄啶片同用时发生白细胞、血小板减少的机会增加。
2．氨苯砜与甲氧苄啶片合用时，两者血药浓度均可升高，氨苯砜浓度的升高可使不良反应增多且加重，尤其是高铁血红蛋白血症的发生。
3．甲氧苄啶片不宜与抗肿瘤药、2，4-二氨基嘧啶类药物同时应用，也不宜在应用其他叶酸拮抗药物治疗的疗程之间应用本品。因为有产生骨髓再生不良或巨幼红细胞贫血的可能。
4．与利福平合用时可明显增加本品清除，血清半衰期缩短。
5．与环孢素合用可增加肾毒性。
6．甲氧苄啶片可干扰苯妥英钠的肝内代谢，增加苯妥英的t1/2达50%，并使其清除率降低30%。
7．与普鲁卡因胺合用时可减少普鲁卡因胺的肾清除，致普鲁卡因胺及其代谢物NAPA的血浓度增高。
8．与华法林合用时可抑制该药的代谢而增强其抗凝作用。