1、甲氧苄啶与磺胺类药合用可使细菌的叶酸合成代谢遭到双重阻断，有协同抗菌作用，并可使其抑菌作用转为杀菌作用。
2、甲氧苄啶与小檗碱、土霉素、氨苄西林、庆大霉素、卡那霉素、阿米卡星、林可霉素、磷霉素联用有显著的增效作用。
3、甲氧苄啶与多黏菌素、春雷霉素联用其增效作用可达2-32倍。
4、甲氧苄啶与吡哌酸、氟哌酸联用增效作用显著，且药物不良反应也低于单独用药。
5、甲氧苄啶与头孢羟氨苄联用可增强疗效，并延缓细菌耐药性的产生。
6、氨苯砜与甲氧苄啶同用可使两者血药浓度升高，氨苯砜浓度的升高可使不良反应增多且加重，尤其是正铁血红蛋白血症的发生。
7、甲氧苄啶可干扰苯妥英的肝内代谢，使苯妥英的血清半衰期延长50%，并使其清除率降低30%。
8、甲氧苄啶与普鲁卡因胺同用可降低其肾清除率。
9、甲氧苄啶与华法林同用可抑制华法林的代谢而增强其抗凝血作用。
10、甲氧苄啶与环孢素同用可增加肾毒性。
11、骨髓抑制剂与甲氧苄啶同用可能使发生白细胞、血小板减少的机会增多。
12、甲氧苄啶与抗肿瘤药、2,4-二氨基嘧啶类药物同用，有可能引起骨髓再生不良或巨幼红细胞贫血。
13、甲氧苄啶与利福平同用可使甲氧苄啶清除增加、血清半衰期缩短。