器官移植在同卵双胞胎之间进行较易成功，这是因为两者的基因组是一样的，细胞表面的MHC分子也是一样的，2个个体都不排斥对方的器官。
激素、放射线照射、药物（6-巯基嘌呤）等可以抑制受体的免疫功能，增加移植手术的成功率。但它同时增加了感染疾病的可能性。虽然环孢素（cyclosporin)选择性抑制T细胞的功能，但也会影响免疫系统的其他功能。
临床器官移植还存在外来器官排斥受体的问题：例如骨髓移植，当供者骨髓植入受者后，外来骨髓的淋巴细胞对受体的各组织（抗原）进行攻击，其后果可致受者死亡。
