结肠溃疡的临床表现可因病因不同而表现各异，主要表现为：腹痛、腹泻、粘液脓血便等。根据起病进程可分为急性和慢性，感染性、缺血性、药物性等引起多表现为急性起病，部分疾病可反复发生转化为慢性进程。炎症性肠病，白塞病等疾病多慢性起病，迁延不愈。
1.感染性疾病多病程较短，起病急，以腹痛、腹泻、粘液脓血便为主，可多达10次/日，腹部绞痛，多合并发热、寒战等全身中毒症状，以及恶心、呕吐、食欲不振等。部分患者有明确进食不洁食物史、长期使用抗生素、激素、免疫抑制剂等病史。
伪膜性肠炎（pseudomembranous enterocolitis）主要致病菌为难辨索状芽孢杆菌，腹泻是最主要的症状，腹泻程度和次数不一。轻者大便2～3次/日，停抗生素后自愈；重者有大量水样泻，30次/日，部分患者可排出斑块状伪膜。常伴有腹痛，多在下腹部，呈钝痛、胀痛或痉挛性疼痛，也可伴有腹胀、恶心、呕吐、发热等，重症及暴发型者可出现水电解质紊乱、低蛋白血症、中毒性及低血容量性休克。
2.炎症性肠病多病史较长，反复发作，少部分患者呈急进性发作。
溃疡性结肠炎多以腹痛、腹泻、粘液脓血便为主，多伴左下腹压痛，大便次数可多达十余次/天，里急后重、排便不尽感，重度溃疡性结肠炎患者可因贫血而乏力，可有体重下降和发热。
克罗恩病则以腹痛、腹部包块、消瘦为主要表现，腹痛多位于右下腹，合并小肠病变者可出现脐周痛，部分患者出现腹泻、便秘等症状，大便带粘液或带血。可有低热、低蛋白血症，肛周病变（肛瘘、肛周脓肿）常见。可因肠道狭窄而发生肠梗阻，累及上消化道病变可出现上腹部疼痛，烧灼感、呕吐等症状，部分患者发生穿孔或肠瘘。
克罗恩病和溃疡性结肠炎均可出现肠外表现，骨病为最常见场外表现，包括外周关节痛、骨软化、强直性脊柱炎、骶髂关节炎，严重程度可与胃肠道症状相关。皮肤表现：结节性红斑、坏疽性脓皮病等。眼损害：结膜炎、虹膜炎、眼色素层炎等。肾结石：草酸钙结石与CD脂肪吸收不良相关、尿酸结石与营养不良有关。其他肠外表现还包括：原发性硬化性胆管炎、血栓性静脉炎、血管栓塞、维生素B12缺乏所致周围神经病变、口腔溃疡等。
3.白塞病多以复发性口腔溃疡为首发症状，约60%患者发生外阴生殖器溃疡，消化道损害占8.4%-27.5%，可表现为腹痛、腹泻、便秘、便血以及溃疡穿孔而引起的突发剧烈腹痛，肠道溃疡多见于回盲部、横结肠和升结肠，少数可见于胃和食管下段。典型表现为回盲部单发或多发边界清晰的圆形或类圆形深浅并存溃疡。此外白塞病也会合并皮肤损害、眼部病变和关节、心脏大血管、神经、肺、肾、睾丸等多系统的病变。
4.过敏性紫癜以皮肤紫癜最常见，对称性分布，下肢伸侧及臀部多见。50%患者出现腹痛，内镜下可见肠粘膜紫癜和深大溃疡形成，严重者可合并呕吐及消化道出血，肠坏死和肠穿孔少见。
5.缺血性肠病最常见的表现是突发左下腹痉挛性疼痛，伴有明显便意，在之后的24h内便血，为鲜红色或暗红色，血与粪便混匀，出血量不大，极少需输血。由于肠道缺血导致肠功能紊乱，可出现恶心、呕吐、嗳气、腹胀、腹泻等症状。伴随病程的进展及病变的加重，表层粘膜坏死、溃疡形成。病变严重者，肠壁全层坏死，甚至引起肠壁破裂、腹膜炎、休克致死。梗死面积小者可不穿透肠壁，局部发生纤维化。病变自愈后可因瘢痕形成引起肠狭窄。
6.结肠肿瘤，主要症状：排便习惯或性状改变，腹痛，腹部肿块，肠梗阻，全身症状包括贫血、消瘦、低热、乏力，肿瘤转移可出现腰骶部酸痛、赘胀感。
7.药物性肠炎，多有明确药物服用史。
8.放射性肠炎，详见放射性肠炎百科词条。