根据病史、典型症状、体格检查和各项辅助检查（实验室检查、影像学检查、结肠镜检查、组织细胞学检查）结果，可作出诊断。除定性诊断外，还应同时对临床类型、严重程度、病情分期、是否合并并发症等情况，作出判断
（一）诊断依据
1.腹痛伴里急后重，持续或反复发作的腹泻、排黏液脓血便，患者按特异性肠炎治疗无效。排除克隆病、菌痢、阿米巴痢疾、肠结核、结肠癌等。
2.全身表现及肠外表现。
3.多次粪便常规检查及培养未发现病原体。
4.X线钡灌肠，显示肠黏膜粗糙水肿、多发细小充盈缺损、颗粒样或结节样，皱襞粗大、紊乱。肠壁呈锯齿状。后期则示肠管变短、僵硬，结肠袋消失，铅管状。
5.结肠镜检查，发现病变部位弥漫性充血、水肿、糜烂、溃疡，脆性增加。表面常附有脓性分泌物及血液。多发性假息肉及肠腔狭窄、桥形黏膜。结肠袋变浅或消失。
6.活检，可见黏膜有单核细胞浸润为主的炎症、糜烂、溃疡。尚可见隐窝炎、隐窝脓肿。同时有腺体排列紊乱、萎缩。杯状细胞减少，可见潘氏细胞化生。
（二）分期分型
1.临床类型
分为初发型、慢性复发型、慢性持续型和暴发型。
2.病情程度
分为轻度（腹泻每天3次以下，便血轻或无，无发热）、中度（介于轻重度之间）、重度（腹泻每天6次以上，脉搏在90次/分以上）。
3.病变范围
分为直肠炎、直肠乙状结肠炎、左半结肠炎、广泛结肠炎和全结肠炎。
4.病情分期
分为活动期和缓解期。