1、抑制肿瘤细胞的生长
经相关临床研究观察表明，菠萝蛋白酶能抑制肿瘤细胞的生长。
2、对心血管疾病的防治
菠萝蛋白酶作为蛋白水解酶对心血管疾病的防治是有益的。它能抑制血小板聚集引起的心脏病发作和中风，缓解心绞痛症状，缓和动脉收缩，加速纤维蛋白原的分解。
3、用于烧伤脱痂
菠萝蛋白酶能选择性地除 皮，使新皮移植得以尽早进行。动物实验证明，菠萝蛋白酶对邻近的正常皮肤无不良影响。局部使用抗生素不影响菠萝蛋白酶的效果。
4、消炎作用
菠萝蛋白酶在各种组织中能有效地治疗炎症和水肿（包括血栓静脉炎、骨骼肌损伤、血肿、口腔炎、糖尿病人溃疡及运动损伤），菠萝蛋白酶具有激活炎症反应的潜力。菠萝蛋白酶还可治疗腹泻。
5、增进药物吸收
将菠萝蛋白酶与各种抗生素（如四环素，阿莫西林等）联用，能提高其疗效。相关研究表明,它能促进抗生素在感染部位的传输，从而减少抗生素的用药量。据推断，对于抗癌药物，也有类似的作用。此外，菠萝蛋白酶能促进营养物质的吸收。