根据芋螺毒素基因及其前体蛋白信号肽的保守性，可将芋螺毒素分为A、O、T、M、P、I等多个超家族。α、αA、κA属于A-超家族，ω、δ、κ、μO属于O-超家族，μ、ψ、ΚM属于M-超家族。O-超家族芋螺毒素（半胱氨酸模式C-C-CC-C-C）主要作用于电压门控离子通道（又称电压敏感性通道），包括Ca2+离子通道、Na+离子通道和K+离子通道等。作用于Ca2+离子通道的只有O-超家族的ω-芋螺毒素。在此基础上，根据每个成员保守的半胱氨酸骨架，结合其药理学活性，将之进一步分为若干个家族，按其作用靶位的不同又可将其分为α、αΑ、δ、ε、γ、κ、λ、λ/χ、μ、μO、ρ、σ、ω、ψ等若干个家族。例如：O-超家族，包括ω-、μO-、δ-和κ-芋螺毒素；T-超家族，包括τ-和χ-芋螺毒素；A-超家族，包括α-、αA-和κA-芋螺毒素等。另外，还有一类不含二硫键或者仅一对二硫键的芋螺肽（conopeptide），由于数量少且种属的分布相对稀少，通常直接在其名称后面直接加一个或两个字母来表明其种属来源，如contryphan-R，conantokin-G等。而δ-、μ-、μO-芋螺毒素作用于不同亚型的钠通道，分别属于O、M超家族，统称为钠通道芋螺毒素。δ-芋螺毒素延缓钠流的钝化速度，延长动作电位的持续时间。μ-芋螺毒素分为作用于河豚毒素敏感型（TTX-S）与不敏感型（TTX-R）两类，尤其是TTX-R型μ-芋螺毒素，序列短，活性高，选择性强，已证实具有显著的镇痛效果。