毛细管电泳的缺点是：
（1） 由于进样量少，因而制备能力差；
（2） 由于毛细管直径小，使光路太短，用一些检测方法（如紫外吸收光谱法）时，灵敏度较低；
（3）电渗会因样品组成而变化，进而影响分离重现性。
