一是全扫描模式（SCAN），还有一个是选择离子扫描模式（SIM），前者主要用来做未知化合物的定性分析，后者主要用于目标化合物检测和复杂混合物中杂质的定量分析。
全扫描模式（SCAN）和选择离子模式(SIM)，二者均可以进行定量分析，但是SIM模式需要SCAN模式提供定性和定量离子，且灵敏度更高。
