气质联用仪是一个气体运行的系统，因而仪器的密封性相当重要。
1.换柱：毛细管柱进入质谱腔中的长度不适当，太长或太短都不行。
2.垫圈要松紧合适，太松会有漏气的隐患，太紧则会压碎垫圈，每次更换色谱柱时需要更换新的密封垫圈。
3.清洗离子源时打开腔体后要注意其密封性。
