氨基酸质谱仪分类有多种。
1、按分析目的可分：氨基酸化验室质谱仪和氨基酸工业质谱仪。
2、按质量分析器的工作原理可分：四极杆氨基酸质谱仪、离子阱氨基酸质谱仪和飞行时间氨基酸质谱仪等。
3、按联用方式可分：氨基酸气质联用仪、氨基酸液质联用仪和氨基酸多级质谱仪等。
4、按分辨率可分：低分辨氨基酸质谱仪、中分辨氨基酸质谱仪和高分辨氨基酸质谱仪。
5、按离子化方式可分：基质辅助激光解吸电离氨基酸质谱仪、电喷雾电离氨基酸质谱仪和大气压化学电离氨基酸质谱仪等。
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