1.停用相关抗生素
由抗生素引起的假膜性小肠结肠炎，应立即停用抗生素。若必须使用抗生素时，可用窄谱抗生素或合用万古霉素。
2.加强对症支持治疗
如给患者补充水电解质，必要时可采用全肠道外营养。严重者可少量使用激素，以改善毒血症。
3.抗菌治疗
甲硝唑为首选抗生素，它对绝大多数PMC患者有效。若疗效不理想或患者不能耐受甲硝唑时，可改用万古霉素。
4.抗难辨梭状芽胞杆菌毒素治疗
可采用易制备的难辨梭状芽胞杆菌抗毒素中和难辨梭状芽胞杆菌毒素。
5.维持肠道正常菌群
可口服乳酶生、双歧杆菌等。另外，对于那些极少数合并有中毒性巨结肠或肠梗阻者，应手术治疗。