1.肠杆菌科细菌的不同菌种和同种细菌的不同菌株，对于各种抗菌药物的敏感性往往有很大差异，因此抗菌药物的选用应尽可能以药物敏感试验的结果为依据。
2.由于多数肠杆菌科细菌为条件致病菌，除少数病人系医院外获得之感染外，多数病人为院内获得性感染，其中大部分患有原发疾病。其原发疾病的性质往往是决定肠杆菌科细菌感染者预后的重要因原发疾病的性质和预后越严重，对病人免疫功能的损害程度越大，则抗菌药物的疗效也越差。
3.对于革兰阴性杆菌严重感染的病人，应在送验标本培养和药敏试验尚未获得结果以前即开始经验治疗，待化验结果获知后，并根据病人对治疗的反应加以调整。
4.经验治疗方案如下。
(1)院外获得性感染 细菌来源于尿路者可用哌拉西林或头孢菌素类或氟喹诺酮类，如：诺氟沙星、氧氟沙星和环丙沙星等等。严重病例可合用氨基糖苷类。国内大肠杆菌对氟喹诺酮类耐药率可达50%以上，有时临床疗效较差，应予注意。
(2)医院内感染:第三代头孢菌素或氨基糖苷类抗生素合并哌拉西林或氟喹诺酮类 (注射剂)。
(3)医院内感染合并白细胞减低、大面积烧伤(烧伤面积在20%以上)、由气雾吸入或人工呼吸器污染所致者，可用哌拉西林或第三代头孢菌素或氟喹诺酮类联合氨基糖苷类，或哌拉西林-三唑巴坦或亚胺培南。
(4)在革兰阴性杆菌对庆大霉素耐药性高的医疗单位内，氨基糖苷类抗生素宜采用阿米卡星或异帕米星。
5.已知病原的治疗。病原菌分离后应进行药敏试验和联合药敏试验，作为选用药物的参考。肺炎克菌多数对氨苄(竣苄)西林耐药，宜用头孢菌素类合并氨基糖苷类治疗。革兰阴性杆菌脑膜炎宜用第三代头孢菌素，必要时合用氨基糖苷类。治疗腹腔感染或腹膜炎、盆腔感染时可考虑用哌拉西林或头龅菌素类合并甲硝唑，因可能同时有脆弱拟杆菌存在，氟喹诺酮类药物如：诺氟沙星、氧氟沙星、环丙沙星、伊诺沙星、培氟沙星等，中、轻度病人可口服，严重病例可用注射剂，本类药物对肠杆菌科细菌有强大抗菌作用，但不宜用于严重大肠杆菌感染，小儿及孕妇不宜应用。
6.采用体外有协同作用的抗菌药物联合，可提高疗效。此外，可以用病人分离所得细菌与病人血清进行血清杀菌滴度测定，滴度在1:8以上者预后较好。
7.对严重病人、老年人、新生儿或有严重肝、 肾功能损害者，有条件时应进行血药浓度监测，对于保证有效血浓度，提高疗效以及防止和减少药物不良反应，均有重要意义。