本病治疗关键在于积极控制感染、防止复发、去除诱因、纠正先天或后天尿路结构异常，防止肾功能损害。
1.一般治疗
急性感染时应卧床休息，多饮水，勤排尿，减少细菌在膀胱内停留时间。女孩应注意外阴部清洁。
2.抗菌疗法
应早期积极应用抗菌物治疗。药物选择一般根据：
（1）感染部位对肾盂肾炎应选择血浓度高的药物，而下尿路感染则应选择尿浓度高的药物如呋喃类或磺胺；
（2）病原菌根据尿培养及药物敏感结果针对病原菌应用抗菌药；
（3）少用肾损害药物急性初次感染经以下药物治疗，症状多于2～3天内好转、菌尿消失。如治疗2～3天症状仍不见好转或菌尿持续存在，多表明细菌对该药可能耐药，应及早调整，必要时可两种药物联合应用。
3.积极治疗尿路结构异常
小儿尿路感染约半数可伴有各种诱因，特别在慢性或反复再发的尿感多同时伴有尿路结构异常，必须积极查找，尽早治疗，防止肾实质损害。