1.抗真菌治疗
必须早期、足量、足疗程治疗。由于各种真菌对于药物的敏感性有一定的差异，有条件时应做药物敏感试验。根据试验结果选择抗真菌类药物。小儿要根据医生诊断后，适当减量。常用的抗真菌药有：
（1）两性霉素B（AmB） 为广谱第一线抗真菌药物，口服不能吸收，必须由静脉滴入。
（2）两性霉素B脂质体 用于无法耐受传统两性霉素B制剂的患儿、肾功能严重损害、不能使用传统两性霉素B制剂的病例。
（3）氟胞嘧啶（5Fc） 对念珠菌、隐球菌及曲菌的少数菌株有效。疗效比两性霉素差，临床常二者联合应用。本品易产生耐药性，口服吸收良好。
（4）克霉唑 对念珠菌、隐球菌、曲菌及荚膜组织胞浆菌均有良好的抑菌作用，不易产生耐药性，口服吸收快。
（5）伏立康唑 具有广谱抗真菌作用，尤其是对侵袭性曲霉菌有效。
（6）酮康唑 对念珠菌、新型隐球菌、荚膜组织胞浆菌、球孢子菌有抗菌作用。口服吸收好，毒性小，疗效好，不损害肾功能，与AmB合用能增加杀菌能力。本药不能通过血脑屏障。
（7）伊曲康唑 用于曲霉菌、念珠菌属、隐球菌属和组织胞浆菌等感染的预防治疗。
（8）氟康唑 用于非粒细胞减少者的深部念珠菌病。
（9）卡泊芬净 用于侵袭性念珠菌病、念珠菌血症及侵袭性曲霉菌病。
（10）球红霉素 疗效类似AmB，但毒性较AmB低。口服不能吸收，必须由静脉滴注。
2.辅助治疗
治疗原发病，增加营养，适量给予多种维生素。输血或血浆、免疫球蛋白、转移因子、胸腺素等，根据病情应用。在应用抗真菌药物的同时，应积极治疗可能存在的基础疾病，增强机体免疫功能。
3.手术切除
肺空洞型曲菌球病且有反复咯血者，可行外科手术切除。手术方式以肺叶切除术为宜，尽量避免全肺切除术。