目前，并非所有幽门螺杆菌感染者都要进行治疗。若无临床症状，即使Hp为阳性，也不需要清除Hp，可定期观察、根据医生的建议来决定如何治疗。
如果以下治疗指征，则需进行根治：
①消化性溃疡；
②胃黏膜相关淋巴组织淋巴瘤；
③HP阳性慢性胃炎伴消化不良；
④慢性胃炎伴胃黏膜萎缩或糜烂；
⑤早期胃肿瘤已行内镜下切除或手术胃次全切除；
⑥胃癌家族史者；
⑦计划长期服用非甾体消炎药（包括低剂量阿司匹林）等。
迄今为止，尚无一种单一的药物能根除Hp，因此提倡质子泵抑制剂（PPI）与抗生素和铋剂联合应用。目前根除的方案有多种，包括标准三联和四联、伴随治疗、序贯治疗、混合治疗等。
