心脏横纹肌瘤有自发消退的倾向，研究发现肿瘤在妊娠晚期会停止生长或体积相对缩小，有小部分病例仍有宫内继续生长的趋势，出生后大部分患儿的心脏横纹肌瘤会在婴儿时期部分或全部消退，所以一般建议采用保守治疗。只有当横纹肌瘤引起血流动力学阻塞或心律紊乱影响到心脏功能时，才有必要给予药物治疗或手术切除。
手术的主要目标是解除血流动力学阻塞，保护心室及瓣膜功能，以及防止损伤传导系统。肿瘤的根治性切除并非必要，且有危险性。存在明显症状的腔内型横纹肌瘤具有手术指征，年龄或是否伴有结节性硬化症并非手术的禁忌证。横纹肌瘤虽无包膜，但界线清楚，外科手术可完全切除，只有当肿瘤累及冠状动脉主要分支、瓣环或传导系统时手术有一定困难。
根据肿瘤的部位可采用不同的手术方法，对于右室游离壁病变可做单腔静脉插管，不阻断主动脉进行手术。对于室间隔或左室病变做双腔静脉插管，中度低温阻断主动脉进行手术，也可采用深低温停循环的方法。手术切口应根据肿瘤的部位来选择，争取完全切除，但如侵犯其他重要结构或多发性的肿瘤，不能勉强切除，仅需解除梗阻部分即可。切除肿瘤后的组织缺损可用补片进行重建。