治疗细菌性结膜炎，可使用多黏菌素、杆菌肽、红霉素、四环素的混合眼膏。由于50%以上的沙眼衣原体结膜炎患儿合并其他部位的感染，因此应口服红霉素。单纯疱疹性结膜炎用三氟尿苷眼膏或眼液、疱疹净眼膏治疗，由于病毒易扩散到脑或其他器官，婴儿可给予抗病毒药物阿昔洛韦。新生儿不用糖皮质激素类眼膏，因为糖皮质激素类眼膏可加重沙眼衣原体和单纯疱疹病毒的感染。
