1.一般治疗
卧床休息，消化道隔离。给予易消化、高热量、高维生素、低脂肪饮食。限制进食牛奶以防腹胀。避免刺激性、多渣食物。可用物理降温。停用原有抗生素。忌用止泻药。可应用微生态制剂。
2.液体疗法
静脉补液：应静脉输液，以补充水分、热量，及时纠正酸碱平衡和电解质紊乱。原则上损失多少补多少，遵循“先盐后糖，先快后慢，纠酸补钾”的方针。口服补液：适用于轻度失水者和静脉补液后病情已有改善者。
3.抗真菌治疗
首选制霉菌素口服。重症或口服有困难者选用氟康唑或二性霉素B合用，氟胞嘧啶（5-氟胞嘧啶）静脉滴注。
（1）制霉菌素 为多烯类抗真菌抗生素，因不溶于水，口服不吸收，故副作用较小。可与大蒜素合用。
（2）大蒜素 为大蒜经真空分馏得到的一种有效挥发油，化学名为三硫二丙烯，亦可人工合成。
（3）氟康唑 为取代酮康唑的新一代三唑类化学制剂。此药应避免与降低胃pH值的碱性药物同服；也应避免与降血糖药、环孢素A、苯妥英钠、利福平、H2拮抗药等合用，以免相互干扰、加速代谢而降低疗效。
（4）伊曲康唑 作用与氟康唑类似，仅供口服。用法及注意点同氟康唑。用于治疗副球孢子菌肠炎，疗程需6～12个月。