神经源性排尿功能障碍的治疗原则是，对神经病变能恢复者，采用针对原发病的治疗；对神经病变不能或不能完全恢复者，则针对改善排尿状况及保护肾功能进行治疗。
近年来，对神经源性排尿功能障碍的治疗方法有了很大的进展，使得开放性手术治疗的病例逐年减少。改善排尿状况的药物不断出现，如M受体拮抗剂、α-受体拮抗剂、平滑肌或骨骼肌松弛剂等不断应用于临床并取得良好效果。特别是电刺激疗法，无论基理研究及临床应用都有了突破性进展，在储尿及排尿反射通路的各个反射弧部位均有研究，应用较成熟的主要有逼尿肌电刺激、盆底肌电刺激和骶神经根埋植式电刺激（interstim）等，使针对神经反射的手术治疗进一步减少。但外科手术治疗并未被上述治疗所完全替代，针对不同病例，可选用膀胱颈切开术、尿道外括约肌切开术、阴部神经切断术、人工尿道括约肌等。对病变严重、排尿功能已无恢复希望、已有或存在潜在的上尿路损害等，还不得不采用尿流改道手术，甚至行永久性膀胱造口术。