网膜囊肿一旦确认，应手术治疗，不主张B超或CT引导下抽吸治疗。单发的较小囊肿，应完整切除。囊肿与胃、肠管粘连致密无法分离时，原则上应连同受累部分一并切除，但和小肠广泛粘连的巨大淋巴管囊肿，也可行囊肿次全切除，残留部分如有间隔，应尽量贴壁剪除，使之开放，后可用3%碘酊涂擦残留囊壁，以破坏其内膜。
巨型囊肿应逐渐抽液减压后再切除，如直接将囊肿托出腹腔外，可能导致腹压突然明显下降，影响心、肺功能及血流动力平衡而造成生命危险。切除巨大囊肿后，需要较长时间应用腹带，防止腹腔脏器及腹壁下垂。
