1.外用药物
可以给予2%酮康唑洗剂外用，连续使用7～10天；2%二硫化硒洗剂外用，7～19天。面积较小的患者，或由于各种原因不能口服抗真菌药物的患者，可以给予1%联苯苄唑乳膏/凝胶、2%咪康唑乳膏、2%酮康唑乳膏、2%益康唑乳膏外用，疗效均较好。特比萘芬、布替萘芬、萘替芬等丙烯胺类抗真菌药物同样有效。阿莫罗芬和环吡酮胺作为新型抗真菌药物，也可以应用于花斑糠疹的治疗。由于花斑糠疹难以治愈，容易复发，间歇重复用药有助根除，有的时候还可以先用洗剂清洗后再外用药物，能提高疗效。
2.系统治疗
对于面积较大或者反复发作的患者，可以给予伊曲康唑，酮康唑，氟康唑等唑类药物口服治疗。