该病治疗原则为补充营养和纠正水、电解质平衡失调。营养治疗应缓慢进行，所进食蛋白质从每天0.8g/kg开始，逐步增加至每天1.5～2.0g/kg，其中1/3应为动物蛋白。若病人能摄食，鼓励口服，应少食多餐，进食易消化的半流质。应控制钠量。若病人不能口服，则经胃管或经静脉给予营养治疗。贫血者应予小量多次输血。同时，辅以蛋白同化剂，如苯丙酸诺龙（nandrolone phenpropionate）25mg，肌内注射，每周1～2次。该药有轻度潴钠作用，不宜过早使用。
蛋白质-能量缺乏病人常常并非死于饥饿，而是死于水、电解质紊乱，故及时纠正水、电解质紊乱极为重要。用常规方法判断失水很困难，应仔细观察有无口唇及舌干燥、血压降低、肢体末端厥冷和尿量减少。液体补充应保证病人有足够尿量，儿童每24小时至少应排尿200ml，成人至少应排尿500ml。