患者应按肠道传染病隔离，控制饮食。合并细菌感染时应给予抗生素。对确诊患者和高度怀疑本病者应给予抗病原体药物治疗。可选用的药物有：
1.甲硝唑
一般服药3天粪中原虫即可转阴，症状逐渐消失。常见毒副作用有口腔金属味感、恶心、倦怠、嗜睡等。服药期间应禁酒，孕妇及哺乳期患者禁用。
2.呋喃唑酮。
3.阿苯达唑
是一种很有前途的抗蓝氏贾第鞭毛虫药物。
4.吡喹酮
本药治疗效果尚待进一步研究确定。
5.其他
国外尚有研究者采用替硝唑、尼莫唑，国内则有苦参浸膏片用于本病治疗。
