粒细胞缺乏极易发生严重的细菌和真菌感染，危及生命，作为经验性治疗，应及时予以足量广谱抗生素，常采用氨基糖苷类和β-内酰胺类联合用药。疑有真菌感染时应使用抗真菌药治疗。
此外，应及早开始造血生长因子治疗，定期注射粒细胞集落刺激因子（G-CSF）可显著提高中性粒细胞计数和免疫功能，是治疗的主要药物，但造血干细胞移植仍是目前唯一有望彻底治愈本病的方法。
