1、颅底陷入症的非手术治疗：
颅底凹陷常导致颅后窝和上颈部椎管有效空间缩小，故治疗的目的在于给予足够空间进行减压术。对于偶然发现的无症状者，一般不需要治疗，应嘱患者防止头颅部外伤及过度剧烈头部屈伸。对症状轻微而病情稳定者，可以随访观察。
2、颅底陷入症的手术治疗：
一旦出现进行性加重，应手术治疗，手术方式主要为枕肌下减压术。但必须指出，症状轻微患者即使影像学发现畸形也不宜手术。目前手术指证为：
①有延髓和上颈髓受压表现者。
②有小脑征症状及颈神经症状，并呈进行性加重者。
③有颈神经根受累和伴有脊髓空洞者。
④有脑脊液循环障碍或颅内压增高者。
⑤伴有颅后窝肿瘤或蛛网膜囊肿者。