1.一般疗法
（1）加强护理和营养以提高患者的抵抗力和免疫力。
（2）预防感染应注意隔离，尽量减少与病原体的接触。
2.抗感染疗法
由于吞噬细胞本身和吞噬能力缺陷，机体无法杀灭感染的细菌。因此，一旦发生感染，应针对病原菌选择广谱的杀菌性抗生素进行治疗。磺胺甲恶唑/甲氧苄啶对控制慢性肉芽肿病的感染有一定的效果。
3.免疫替补疗法
（1）输注粒细胞针对粒细胞吞噬杀菌功能的缺陷，可通过输注粒细胞起到暂时的替补作用。尤其是应用细胞分离器获得的白细胞悬液中含有更多的粒细胞，可供临床使用。
（2）输注新鲜全血先天性调理系统缺陷可引起一些反复感染，应用新鲜血浆可以纠正。对严重感染的病例，可输入调理蛋白，通过加强对病菌的调理作用，促进机体对病菌的识别、吞噬和清除作用，从而达到控制感染的目的。
（3）阿地白介素（白细胞介素-2）
（4）骨髓移植为根本的疗法。