正常成人肌内注射本品1g后，1小时～2小时达血药峰浓度(C max)，血药峰浓度为52.9mg/L，12小时血中浓度尚有3.3mg/L；静脉注射和静脉滴注本品1g后，即刻血药峰浓度分别为178.2mg/L和106.0mg/L，12小时后尚有1.2mg/L和1.5mg/L。头孢哌酮仅能进入炎性脑脊液，化脓性脑膜炎病人静注2g后的脑脊液内药物浓度为0.95～7.2mg/L，为血药浓度的1％～4％。脑脊液中头孢哌酮浓度随脑脊液中蛋白含量的增高而增高。本品能透过血-胎盘屏障，足月产妇静脉注射本品1g，2小时后母体血、胎儿脐带血和羊水中的药物浓度分别为52.1mg/L、10.4mg/L和0.9mg/L，胎盘及脐带组织中的药物浓度分别为5.5mg/kg和1.2mg/kg。本品约40%以上从胆汁中排出，胆汁中浓度为血药浓度的12倍。本品在前列腺、骨组织、腹腔渗出液、子宫内膜、输卵管等组织和体液中浓度较高，痰液、耳溢液、扁桃体和上颌窦粘膜亦有良好分布。本品的蛋白结合率高，为70％～93.5％。不同途径给药后的血消除半衰期（t 1/2β）约2小时，肾功能严重减退时（内生肌酐清除率[7ml/min）或严重肝病伴肝功能减退时，t 1/2β将延长。血液透析可清除本品。出生时体重低的新生儿t 1/2β为2.2小时。本品在体内不代谢，主要经胆汁排泄，严重肝功能损害或有胆道梗阻者，尿中排泄量可达90％。