在总共5943例中，有269例(4.53%)的不良反应报告。
1、由静脉注射引起的休克( 0.1%)。头晕在0.1-5%之间。因此，要注意注射的剂量，并尽量减慢注射速度。
2、本品亦可引起造血系统的毒性反应，可发生再生障碍性贫血、红细胞生成抑制、白细胞和血小板减少，应进行充分的血液检查，当确认血液出现异常时，立即中止用药。
3、可发生腹痛、腹泻、恶心、呕吐等消化道反应及肝功能损害，其发生率在10%以下。
4、可出现过敏反应或皮疹，一旦出现症状或血液检查出现异常应立即中止使用。
5、早产儿及新生儿中尚未发现有 灰婴综合症 者。仅有个别报道有出现短暂性皮肤和面色苍白。
6、有时会出现末梢性神经炎，需进行细致的观察。
7、中枢神经系统反应主要表现为头痛、嗜睡、头晕和周围性神经炎。有神经系统病变者长期接受甲砜霉素治疗，会引起触觉减退、触物感痛和痛觉过敏等症状。脚部症状较手更为严重，停药后可改善，但不能完全恢复。