注射用胰蛋白酶主要用于治疗以下情况：
清除血凝块、脓液、坏死组织及炎性渗出物，适用于坏死性创伤、溃疡、血肿、脓肿及炎症等的辅助治疗。
眼科用，可以治疗各种眼部炎症、出血性眼病以及眼外伤、视网膜震荡等。
毒蛇咬伤，使毒素分解破坏。
此外，注射用胰蛋白酶在超说明书适应症中还被认为可用于肺泡蛋白沉积症和伤口清创。
使用注射用胰蛋白酶时，需要注意以下几点：
不可用于急性炎症部位、出血空腔、肺出血一周以内的患者。
肝、肾功能不全、血凝机制异常和有出血情况的患者禁用。
用药前建议先进行皮肤划痕试验，以判断患者是否存在过敏反应。
本品在水溶液中不稳定，溶解后效价下降较快，故应在临用前配制溶液。