流式图四个象限看凋亡：在二维散点图上，PI 和 annexin V 分别是X和Y轴。一般认为PI单染的细胞是已经死亡的细胞，annexin V 单染的细胞是凋亡早期的细胞，而双染是凋亡中期的。
需要在散点图上先画出4个象限，位置根据无染色的阴性细胞先定出左下象限。Annexin V是一种检测细胞凋亡的试剂，在正常细胞中，磷脂酰丝氨酸只分布在细胞膜脂质双层的内侧，细胞发生凋亡早期，膜磷脂酰丝氨酸（PS）由脂膜内侧翻向外侧。
相关分析
使用流式细胞仪正确分析Annexin V-FITC/PI双染的细胞前要求仪器的荧光补偿来去除两种染料激发光之间的叠加。因为荧光补偿设置与PMT的电压直接相关，所以不同仪器之间的补偿不同。建议在实验开始阶段分析经Annexin V、PI分别单染的细胞来调整荧光补偿去除光谱重叠。根据未处理细胞空白对照和经Annexin V、PI分别细胞染色后的单染对照的分析设定十字门的位置。
