测序先锋CraigVenter完整测定自身基因组

基因遗传密码比之前预想的复杂的多

科学网
 
备受争议的基因组研究先锋Craig Venter又有新动作！他的研究小组详细地测定了他自己的基因组序列，使得人们能够观测单个基因组中基因的变化。初步分析报告发表在最新一期的《PLoS生物学》上。
 
此次研究的领导者、美国J. Craig Venter研究所的Samuel Levy表示，此次的测序与之前的有所不同。之前的测序没有在每个染色体的两个副本之间、甚至是不同捐赠者的DNA之间作出区分，从而混淆了等位基因（alleles）。
 
在此次研究中，Levy和研究小组利用从Venter DNA中提取的1900万条基因序列和另外的1300万条序列，使用最新的方法详细检测了不同版本的相同染色体的基因序列。最终他们发现了400万种变异，包括单个核苷差异、序列插入和删除以及单个基因副本数的不同。大约有44%的Venter基因在来自每个染色体的副本之间存在遗传差异。Levy 说，Venter的两组染色体存在0.5%的差异，这表明DNA变异可能比之前认为的要多出7倍多。
 
在发表的论文中，研究人员重点突出了Venter基因组的一些特点。比如他的ABCC11基因序列表明，Venter耳朵可能产生潮湿的耳垢；在紧靠他的MAOA基因之前，有四条重复序列，而只具有三个重复序列被认为会增加反社会行为的倾向；另外，他的APOE序列和SORL1 gene基因均表明可能会增加患早老性痴呆病（Alzheimer）和心血管病的风险。
 
美国加州联合基因组研究所（Joint Genome Institute）的主任Edward Rubin表示，此次研究描绘了更加清晰的人类基因组图谱，它表明基因组并不是统计学意义上的，而应该是一种线性的排列。
 
为了更好地阐述基因组怎样影响他的生活，Venter即将推出一本新书——《解码生命》（A Life Decoded）。美国冷泉港实验室Banbury中心的执行理事Jan Witkowski将在10月4日的《自然》杂志上为这本书撰写书评。
 
Venter表示，单个基因的改变并不能控制他的命运，大多数疾病都归因于人性因素和环境因素。Witkowski对此表示赞同，他同时认为阅读别人的基因组会给别人带来不自在的感觉，就像看别人的病历一样。

Craig Venter测序了自己的基因组（图片来源：Michael Nagle/Getty Images）

相关阅读（英文）

J. Craig Venter研究所主页

《PLoS生物学》发表论文链接

第一个个体基因组序列公布
生物通 
 
来自美国克莱格凡特研究所（J. Craig Venter Institute，由TIGR所建立），加拿大多伦多大学，加州大学圣地亚哥分校，西班牙巴塞罗那大学（Universitat de Barcelona）的研究人员近期公布了单个个体二倍体基因组序列，为未来的基因组比较打开了一道门，也开创了个体基因组信息的新纪元。

原文检索：
Levy S, Sutton G, Ng PC, Feuk L, Halpern AL, et al. (2007) The Diploid Genome Sequence of an Individual Human. PLoS Biol 5(10): e254 doi:10.1371/journal.pbio.0050254
[Abstract]

我们每个人的基因组信息一般都是被包装进23对染色体中的，每23条来自一个亲代，他们的DNA又是来自其祖先基因的混合。因此人类基因组都是作为二倍体行使功能，而且由于等位基因和/或其非编码功能调控元件之间复杂的相互作用也会产生新表型。

大约40多年前科学家们首次在染色体上观察到了人类基因组的二倍体特性，而且目前临床实验室依然将染色体组型作为全基因组检测的标准。随着分子生物学的进步，其它的比如染色体荧光原位杂交（chromosomal fluorescence in situ hybridization，FISH），以芯片技术为基础的遗传分析等技术也为遗传分析的进步贡献了不小的力量。但是尽管有这些技术，科学家们依然怀疑在实验样品中只观测到一小部分的遗传突变。

过去的十年当中，随着高通量DNA测序技术，以及先进的生物信息学分析方法的发展，获得人类基因组大多数序列的测序结果已经成为可能，国际人类基因序列协会（Human Genome Sequencing Consortium，HGSC）目前已经获得了人类基因组的两个版本version，分别利用的是克隆的方法，以及任意全基因组鸟枪法。

在这篇文章中，克莱格凡特研究所的研究人员分析1900万条基因序列和1300万条非编码序列，使用最新的方法详细检测了不同版本的相同染色体的基因序列。结果发现了400万种变异，包括单个核苷差异、序列插入和删除以及单个基因副本数的不同。

他们利用的方法主要是基于全基因组鸟枪法，并配合先进的基因组组合策略和软件，从而完成了二倍体基因组大片段的测序（(>200 kilobases）。与之前的人类基因组序列相比，研究人员发现测序结果中基因组变化的大部分是基于SNPs的已研究过比较多的变异，但是这一测序也发现了一些很少研究的基因组变异，插入和删除，这组成了基因组突变事件的一小部分（22%）。

这些数据描绘了一个二倍体人类基因组的分子特征，为未来的基因组比较打开了一道门，也开创了个体基因组信息的新纪元。