色谱柱的选择一半是科学，一半是艺术。我们之所以这么说，是因为这里有一些确定的明了标准：与应用相适合的色谱柱固定相、与系统压力限相适应的规格等等。
对于液相色谱柱的选择，我们首先要根据化合物的类型、溶解度确定液相方法的模式,如图一所示。
图一
反相色谱是到目前为止最通用的HPLC方法，大约占所有方法的60%，将近95%的色谱工作者都在使用，这里我们主要来讨论反相色谱柱的选择。
从化合物的极性考虑（图二），对于较强极性的化合物，一般会使用较高比例的水相作为流动相，推荐首先尝试耐高水相比例流动相的Stable Bond系列，比如SB-C8或SB-Aq，如果SB系列不能得到好的分离结果，可以尝试同样耐高水相比例流动相并提供选择差异性较大的Bonus RP色谱柱。或者，可以选择极性较强的氰基柱或苯基柱。另外，如果反相色谱柱对强极性化合物保留太弱，则可采用亲水色谱模式，比如Agilent ZORBAX HILIC Plus色谱柱。对于中等极性到非极性的化合物，可以从C18固定相开始，比如Agilent ZORBAX Eclipse Plus C18，如果保留太强，则可以选择极性稍强的C8或苯基柱。如果反相模式保留弱，或选择性差，同样也可以尝试HILIC模式，或极性较强的氰基柱。
从化合物结构上考虑，首先根据化合物的大小选择不同孔径的色谱柱。一般分子量大于2000或者空间位阻较大的分子，建议使用孔径较大的色谱柱（比如300Å）；分子量小于2000的小分子化合物，建议采用较小孔径（80 Å到120 Å）的色谱柱。一般情况下，我们采用Agilent ZORBAX EclipsePlus C18作为方法的首选柱。如果不能提供较强保留，则对于酸性的目标化合物，可以采用较低的pH流动相增强保留，可选择耐低pH值流动相的SB-C18/C8色谱柱；对于碱性的目标化合物，可采用较高pH的流动相增强其保留，则可以选择耐高pH值流动相的ZORBAX Extend C18或Poroshell HPH-C18/C8. 对于一些含芳香环、卤代物或位置异构体的化合物，可以尝试苯基柱或五氟苯基柱，比如Poroshell 120 PFP或Poroshell 120 PhenylHexyl.
从流动相的pH上考虑，一般情况首选Agilent ZORBAX Eclipse Plus C18 或PoroshellEC-C18. 如果流动相的pH值低于3，则可以选择耐低pH值流动相的SB系列的色谱柱，比如ZORBAXSB-C18或 Poroshell SB-C18. 如果流动相的pH值高于7，则可以选择耐高pH值流动相的Extend或HPH系列的色谱柱，比如ZORBAXExtend-C18, 或Poroshell HPH-C18/C8. 如果流动相水相比例较高，比如高于90%的水相等度洗脱，则首先选择耐高水相比例的色谱柱SB-Aq系列,或提供不同选择性的BonusRP及Polaris系列。
样品应用：在下面表格中，我们列出了常用的Zorbax系列反相色谱柱的特点和样品应用。