离子阱质谱具有最高的全扫描MS2采集灵敏度。碎片离子谱被认为是分子的“指纹谱图”,因为它们包含与分子总体结构的较小部分相关的子离子质量信息。尽管其它的质谱如QQQ和QTOF也能产生子离子,其过程并不尽相同,因此导致不同的碎片离子谱图特征。对于QQQ和QTOF仪器,均产生真正的MS/MS谱,子离子不仅代表母离子的一级裂解,同时还有二级裂解、三级裂解等等。即母离子裂解后仍处在碰撞池入口附近时,裂解的碎片离子可能在飞往第三个四极杆之前产生进一步的裂解。 

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