炎症性肠道疾病的肠道病变一般用糖皮质激素或柳氮磺胺吡啶治疗，严重者可选用甲氨蝶呤、硫唑嘌呤、环磷酰胺、苯丁酸氮芥、环孢素、麦考酚酸酯、抗肿瘤坏死因子抗体或可溶性肿瘤坏死因子受体等治疗。由于肠道病变引起的吸收障碍，患者可出现贫血、电解质紊乱、营养障碍，在治疗中应注意纠正。对于严重而又顽固的肠道病变，可考虑手术切除受累的肠管。
关节炎通常用糖皮质激素和非甾体消炎药治疗，切除病变的肠管对关节炎也有缓解作用，中医中药对关节炎也有较好的治疗作用。
