根据临床表现、实验室检查、肾活检病理检查可诊断本病。本病临床主要表现为急性小管间质性肾炎。但不常伴有皮疹、血嗜酸性粒细胞增多。常有明显乏力、厌食、恶心、肌痛、体重减轻，轻度或中度贫血，血沉增快，尿检查可发现有血尿、白细胞尿，24h 尿蛋白在1.5g 以下，血肌酐和尿素氮水平增高。有抗TBM 抗体的特发ATIN 偶可发生特别严重的肾损害。
在小管间质肾病-葡萄膜炎综合征患者，发热亦常见。临床表现除持续性肾功能和小管功能损害、骨髓和淋巴肉芽肿外，还在病程某一时刻出现葡萄膜炎。部分病例可发生骨髓肉芽肿。肾活检病理检查可见间质浸润淋巴细胞、浆细胞、嗜酸粒细胞，系膜免疫球蛋白沉淀，小管颗粒状IgE 和C3 沉淀。根据以上特点可作出本病诊断。