环氧乙烷灭菌器主要运用于医疗器械，口罩，防护服，护目镜生产过程中的灭菌消毒，环氧乙烷灭菌器是一种低温灭菌设备，不损害灭菌的物品且穿透力很强，故多数不宜用一般方法灭菌的物品均可用环氧乙烷消毒和灭菌。例如，电子仪器，光学仪器，医疗器械，书籍，文件，皮毛，棉，化纤，塑料制品，木制品，陶瓷及金属制品，内镜，透析器和一次性使用的诊疗用品等。
