生态隔离是种群间因生态条件的差异而发生的隔离。例如季节隔离，即两个种群在生育季节上不重叠。一般生物都有一定的生育季节，如动物的发情期、交配季节，植物的开花期等。两个种的生育季节不重叠，发生隔离。例如，菊科莴苣属的Latuca Canadensis和L.graminifolia，在美国东南部大面积的同地生长，都是路边野草，人工杂交完全可育。但在自然界中，前者在夏季开花，后者在早春开花，因而得以保持为两个在形态上各异的不同的种。在动物中如青蛙和蟾蜍，因不能同时达到性成熟而不能进行相互交配生殖。此外，如食物的差异、居住环境的不同等也会造成生态隔离，例如生活在美国维多利亚湖的两种慈鲷（cichlid fish），前者主要以湖水表层的浮游藻类为食物，后者生活在湖泊的深水层，以昆虫、软体动物或者其他的鱼类为食，结果二者经长期的生态隔离，逐渐演变形成了不同的物种。
虽然某些物种分布的区域或多或少都能达到相互覆盖，伹还是有部分物种平行前进并不杂交。从生殖意义上来说，这些物种可以进行相互交配。如：法国的海鸥，尽管它们是交感神经系的，但它们仍然是分开的，它们生态学上的窝是不同的。
