环境生物监测是环境生物技术的重要研究方向，在过去20年间开展了多方面的研究，在污染物的监控和污染的安全治理方面具有重要的应用价值。和传统的仪器分析相比，生物监测具有反应特异、预处理简单、分析灵活、监测速度快、成本低和可移动等特点，其发展非常迅速，比如双杂交酵母监测环境荷尔蒙技术，利用鱼监测风险物质技术等，已在实际环境监测中得到逐步的应用。生物监测的一个重要领域是生物传感器技术。
生物传感器是利用生物功能对污染物进行快速监测的方法，核心是生物功能的应用开拓和装置成套化。
目前，BOD生物传感器在污水处理，发光菌整细胞传感器在芳香族化合物的监测等方面以得到了很好的应用，已有商业化的产品销售。
另外，对于土壤污染和地下水污染的生物修复方法的选择和实施效果的评价，生物传感器将发挥重要的作用。新的微生物功能的发现也将为生物监测技术的发展提供更广阔的空间。
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