处理柠檬酸生产废水比较常见的处理方法为生物法，生物法又分为厌氧生物法和好氧生物法在国外处理柠檬酸生产废水的主要方法为上流式厌氧污泥床，其处理废水的步骤如下。首先使废水在经过反应器底部之后进入到内筒，然后废水不断上升直至达到反应器最顶端的水分布器，再利用虹吸管将废水导入驯化好的污泥中，不断进行混合，厌氧菌将废水里的有机物分解成沼气，利用三相分离器将沼气、污泥与水分离并各自排出。此种方法的优点为处理效果好、操作比较简单以及剩余的污泥较少等。
好氧生物法主要为活性污泥法，此方法利用好氧类的微生物来分解有机废水，而这种好氧微生物就称为活性污泥。活性污泥中的微生物占有比例较大，其中细菌在分解过程中发挥净化作用，其主要通过降解有机废水中的可降解成分，从而达到净化废水的目的。活性污泥分解废水中有机物的步骤：
（1）将有机物吸附于污泥表面，完成初步净化；
（2）利用活性污泥中的微生物分解吸附于污泥表面的有机物；
（3）将分解的废水进行凝聚并经过沉淀作用，从而达到分解有机废水的目的。