基本方案 用于表达监测以及与寡核苷酸芯片杂交的 mRNA 扩增
备择方案 cDNA 和体外转录产物的固相可逆固定（SPRI）纯化
| 实验方法原理 | 扩增步骤完全决定于干净、完整的起始 RNA。对培养的细胞，作者采用胍盐裂解再用树脂纯化（如 Qiagen RNeasy Kit）的方案。 扩增 mRNA 可从 Poly（A）＋或总 RNA 开始。尽管 poly（A）＋灵敏度更高，因为除 掉了 cDNA 反应期间大部分与 rRNA 的错配，而使用总 RNA 起始则可以分析那些细 胞或组织有限的生物系统。使用总 RNA 起始一个重要的修正是将 cDNA 第一链合成的温度从 37℃ 提高到 50℃。探针选择严格限制在编码区最后的 600 个碱基；除非 3'非翻译区长度大于 800 个碱基，此时一些非翻译序列可能也被包括进来了。 |
|---|---|
| 实验材料 | 样品 RNA：poly（A）＋或总 RNA |
| 试剂、试剂盒 | SuperScript cDNA kit （Life Techologies） DTT 缓冲液 乙醇 |
| 仪器、耗材 | 热循环仪 Lyophilizer （冻干机） Rotisserie 式摇床 50℃ 加热炉 |
| 实验步骤 |
1. 实验前准备 1.1 材料 样品 RNA：poly（A）＋或总 RNA，有义转录库对照 1.2 试剂 SuperScript cDNA kit （Life Techologies） T7T24引物 RNA 酶抑制剂（Life Technologies 或 Ambion 公司） 无 RNA 酶水（DEPC处理过的水，玻璃蒸馏） 25：24：1 （V/V/V）酚：氯仿：异戊醇（分子生物学级） 7.5 mol/L 乙酸铵 无水乙醇 无 RNA 酶的 70％ 乙醇（预冷至 -20℃） 10×转录缓冲液（Ambion） 10×rNTP 混合液 100 mmol/L DTT 10 mmol/L Bio－ll－CTP 和 Bioll－UTP （Enzo Diagnostics） 2500 U/ul T7 RNA 聚合酶（Epicentre） RNeasy 小柱带RLT和RPE 缓冲液及收集管（Qiagen） 5×片段化缓冲液 20×SSPE （Bio－Wh1ttaker） 0.5％ （V/V） Triton X－100 （分子生物学级；Sigma）溶于无 RNA 酶水 10 mg/ml 鲱精 DNA （Promega） 500 pmol/L Bio948 20×反义转录库对照 6×SSPET： 6×SSPE 含有 0.005％ （V/V） Triton X－100 1.3 耗材 热循环仪（例如 Perkin－Elmer 公司 9600 型 PCR 仪，带热盖） 0.1～10 ul 带滤芯枪头（Continental） Lyophilizer （冻干机） 小薄壁PCR管 GeneChip （Affymetrix） 1～200 ul 带滤芯凝胶上样枪头（Fisher） Rotisserie 式摇床（Appropriate Technical Resources） 50℃ 加热炉 2. 在 PCR仪上设定下列程序： 10 min 70℃ 65 min 37℃ （用总 RNA 时 50℃） 150 min 15.8℃ 无限 4℃ （保温） 3. 用下列试剂为每个RNA 样品配 10 ul 第一链混合液，用带滤芯的枪头： 4 ul 5×第一链缓冲液 200 pmol T7T24 引物 1 ul RNA 酶抑制剂 1 ul 200 U/ul SuperScript Ⅱ 逆转录酶 加无 RNA 酶的水至 10 ul 4. 将每个RNA样品与有义转录库对照混合。每 1 ug poly（A）＋样品加 5 ul 对照或每 10～20 总 RNA 加 1 ml 对照。冷冻干燥至每管体积小于 10 ul， 加无 RNA 酶的水 至10 ul。同时用手预热第一链混合液。 5. 将每份 RNA 转移到小薄壁 PCR 管中，放进 PCR 仪，启动所设程序（第一步）。 6. 70℃ 那步完成后，在温度降到 37℃（或 50℃）2 min 的时间里，加入预热（手中）的第一链混合液（每管 10 ul）。 7. 在合适的反应温度继续保温60 min。 8. 每管配制 130 ul 第二链反应混合液： 91 ul 无 RNA 酶的水 30 ul 5×第二链缓冲液 3 ul 10 mmol/L dNTP 1 ul 10 U/ul E.coli 连接酶 1 ul 2 U/ul E.coli RNA 酶 H 4 ul 10 U/ul E.coli DNA 聚合酶 这个混合液可以先配制，在冰上至多放置 90 min。 9.当 PCR 仪温度降到 15.8℃ 时，每管加入 130 ul 第二链反应混合液（总共 150 ul）。用枪头反复吸放混匀，在此温度下保温＞2h。 10. 加入 2 ul 5 U/ul 的 T4 DNA 聚合酶继续保温 5 min。把样品转移到冰上。 11. 加入 150 ul 25：24：1 的酸：氯仿：异戊醇，涡旋混匀，室温 13 000 g 离心 5 min。 12. 小心地将水相转移到一个新的管子，不要吸到中间相。加入 70 ul 7.5 mol/L 乙酸铵和 0.5 ml 无水乙醇后混匀。室温 13 000 g 离心 20 min。 13. 移去上清，沉淀用 0.5 ml 冷（-20℃） 70％ 乙醇洗涤，涡旋混合。 14. 室温 13 000 g 离心 10 min。移去上清，沉淀空气晾干几分钟。 15. 用 25 无 RNA 酶的水溶解 cDNA 沉淀并定量。 16. 每种 cDNA 样品，按下面组分配制一个反应体系： 100 ng cDNA 6 ul 10×转录缓冲液 6 ul 10×rNTP混合液 3 ul 100 mmol/L DTT 2.4 ul 10 mmol/L Bio－ll－UTP 2.4 ul 10 mmol/L Bio－ll－CTP 2 ul RNA酶抑制剂 2 ul 2500 U/ ul T7 RNA 聚合酶 无 RNA 酶的水配平到 60 ul 冰上可以放至多 3 h，用前升温到室温。 17. 37℃ 保温 8 h 至过夜。纯化前可以在 -80℃ 放置至多 48 h。 18. 加入无 RNA 酶水至 100 ul， 加入 350 ul RLT 缓冲液，混匀。加入 250 ul 无水乙醇，混匀。 19. 将每个样品上样到一个套进收集管内的 RNeasy小柱上。台式离心机室温 8000 g 以上离心 15 s。 20. 将柱子转到新的收集管，加入 500 RPE 缓冲液，台式离心机室温 8000 g 以上离 心 15 s。 21. 弃去流出液，将柱子重新放入此收集管。加入 500 ul RPE 缓冲液，台式离心机以最大速度离心 2 min。 22. 把柱子转移到一个新收集管。加入 50 ul 无 RNA 酶的水，8000 g 以上离心 1 min。 重复此步骤。合并两次洗脱液。 23. 在 260 nm 用分光光度法测 RNA 的量。 24. 取 10 体外转录的 RNA 用无RNA酶的水将体积配到 24 ul。加入 6 ul 5×片段化缓冲液。小心混匀，在 PCR 仪上 95℃ 温育 35 min。令其冷却到室温。-80℃ 可存放一年，用前 37℃ 融化 5 min。 25. 按下列组分为每个反应配 170 ul 杂交反应母液： 51 ul 20×SSPE 1.7 ul 0.5％ Triton X－100 1.7 ul 10 mg/ml 鲱精 DNA 20 ul 500 pmol/L Bio 948 10 ul 20×反义转录库对照 85.6 ul 无 RNA 酶的水 26. 每份 30 ul 片段化的转录 RNA 加入 170 ul 杂交反应母液。在热循环仪上以 99℃ 加热 10 min， 再移到 37℃放置 5 min 以上。 27. 微量离心机最大转速离心 5 min。 28. 从 GeneChip 的上层隔膜插入一个带滤芯的枪头形成出气孔。从芯片的下层隔膜用带滤芯的上样枪头加入 200 ul 杂交液。拿掉出气孔，用保鲜膜覆盖上下两层。 29. 在 rotisserie 式旋转仪上以 60 r/min 转速 40℃ 保温过夜（16～18 h）。 30. 将芯片转入 50℃ 加热炉，继续旋转芯片整整 1 h。 31. 从炉内拿出芯片。从上层隔膜处插入带滤芯的枪头。 32. 微量移液器按到底，将 200 ul 上样枪头从下层隔膜间插入。垂直拿起芯片，缓慢抽出所有杂交液并放进微量离心管内保存于 -20℃。 33. 将芯片内充满 6×SSPRET。 34. 按厂商的说明书洗涤芯片并用藻红素染色。尽快扫描芯片。
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| 注意事项 |
1. 许多缓冲液和酶附带在 SuperScript cDNA 试剂盒里。附带的酶量不足的话可以单独从 Life Technologies 公司定购。 2. 所有需要控制温度的反应都在适当的热循环仪上进行。
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| 其他 |
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