用经典RACE扩増3末端cDNA实验

dNTP 溶液二硫苏糖醇TE反转录缓冲液RNA 酶 HRNasinSuperScriptⅡ逆转录酶poly(A)+RNA 或总 RNAQT 引物Hercules Hot-Start 聚合酶

水浴或加热仪热循环仪

试剂

可以从多数大供应商那里买到该过程所需要的材料与合适的 5X 酶反应缓冲液或 10X 酶反应缓冲液。SuperscriptⅡ逆转录酶和 RNA 酶 H 可以从 Invitrogen 买到，RNasin 可以从 Promega Biotech 买到，Hercules 热稳定性 Hot-StartDNA 聚合酶可从 Stratagene 买到，Tdt 可从 Invitrogen 或 BoehringerMannheim 买到。按照供应商的说明使用酶。有多种不同的热稳定性 DNA 聚合酶，任何一种都是可用的，研究者应该寻找最有效的扩增（参照可靠性或价格）。来自 BoehringerMannheim 的方案是另一个很好的选择。图 25-2 的注解中列出了寡核苷酸引物序列，除Q_T 需要纯化以确保它们全都是全长序列外（大部分引物合成公司都提供这一服务），其他引物都可以「不加工」使用。100mmol/L 的 dNTP 溶液可以从很多供应商处买到。

这一实验方案分为两个阶段。

第 1 阶段：反转录产生 cDNA 模板
第 2 阶段：扩增

第 1 阶段：反转录产生 cDNA 模板

一、材料

1. 缓冲液、溶液和试剂

dNTP 溶液（含 4 种 dNTP, 各 10 mmol/L)

二硫苏糖醇（DTT)(0.1mol/L)

TE(10 mmol/L Tris-HCl、pH7.5,1mmol/LEDTA、pH8.0)

2. 酶和缓冲液

反转录缓冲液，5X(制造商提供）

RNA 酶 H

RNasin

SuperScriptⅡ逆转录晦（Invitrogen)

3. 核酸和寡核苷酸

poly(A)+RNA 或总 RNA

Q_T 引物（100ng/ul)

4. 特殊设备

预设为 37°C、42°C、50°C、70°C、80°C 的水浴或加热仪

二、方法

1. 在一个无菌的离心管中，于冰浴上混合以下转录成分。

反转录缓冲液，5X                  4ul

dNTP 溶液（10 mmol/L)         1ul

DTT(0.lmol/L)                          2ul

Qt 引物（100ng/pl)                0.5ul

RNasin(40U/ul)                       0.25ul

2. 在另一个管中，加1ul Ply(A)⁺RNA 或 5ug 总 RNA 至 13ul 水中，80°C 温育3 min, 迅速在冰上冷却，在离心机中离心 5s。
优先选用 Ply(A)⁺RNA 进行反转录，以降低反应背景，但如果仅有总 RNA，也没有必要制备 poly(A)⁺RNA。

3. 将 RNA 加入到反转录组分中，然后加1ul(200U) 的 Superscript Ⅱ逆转录酶，室温溫育 5 min,42°C1h,50°C10min。

4.70°C 溫育 15 min, 使逆转录酶失活，离心 5s。

5. 加入 0.75ul(1.5U) 的 RNA 酶 H，37°C 温育 20 min, 以消化 RNA 模板。

6. 用 TE 将反应混合物稀释到 1ml，4°C 保存（这就是 3'末端 cDNA 文库）。



第 2 阶段：扩增

一、材料

1. 缓冲液、溶液和试剂

dNTP 溶液（含 4 种 dNTP, 各 10 mmol/L)

TE(10 mmol/LTris-HCl、pH7.5,lmmol/LEDTA、pH8.0)

2. 酶和缓冲液

Hercules Hot-Start 聚合酶 (Stratagene)

Hercules Hot-Start 聚合酶缓冲液（10X)

3. 核酸和寡核苷酸

由第 1 阶段得到的 3'端 cDNA 文库

寡核苷酸引物 Q₀、Q₁、GSP1 和 GSP2(25pmol/L)(Q₀ 和 Q₁ 见图 25-2)

4. 特殊设备

可设程序的热循环仪

二、方法

1. 第一轮

(1) 在一个无菌的 0.2 ml 离心管中，混合以下成分。

Hercules Hot-Start 聚合酶缓冲液（10X)       5ul

dNTP 溶液（10 mmol/L)                               1.0ul

HerculesHot-Start 聚合酶                              2.5U

H₂O                                                             至 50ul

(2) 加 1ul 的 3'末端 cDNA 文库（来自第 1 阶段第 6 步），GSP1 和 Q₀ 引物各 25pmol。

(3) 混合均匀，在一个 DNA 热循环仪上 98°C 加热 5 min，使第一链产物变性并激活聚合酶。冷却至合适的温度（56~68°C) 退火 2 min，72°C 延伸 40 min。

(4) 按下列程序进行 30 轮扩增循环。



2. 第二轮

(5) 用 TE 以 1:20 稀释第一链的部分扩增产物。

(6) 用上面的程序，但省略掉 2 min 的退火和 72°C40 min 的延伸步骤，用 Q₁ 引物和GSP2 引物扩增 1ul 上述稀释材料。