医院获得性肺炎病情复杂，演变迅速，病死率为25%～60%，而铜绿假单胞菌肺炎的病死率可高达70%～80%，早期有效抗菌治疗是关键。瑞金医院一组患者死亡率为40%，其中死于呼吸衰竭8例，循环衰竭3例，多脏器功能衰竭5例，肺癌4例，感染未控制3例。因此在处理肺炎的同时应全面处理心、肺功能衰竭，电解质紊乱，酸碱失衡和多脏器功能衰竭等并发症，以及同时存在的各种基础疾病。
医院获得性肺炎的根本治疗为及时正确选用有效抗菌药物。应强调病原学诊断的重要性，以便有针对性地选用抗菌治疗药物。由于监测技术的原因，多数情况下即刻确定病原菌有一定困难，因此早期治疗多属经验性用药，但是经验性治疗亦在一定程度上依据于本地区或本院的流行病学资料以及结合病情进行评价，应尽量避免盲目性和随意性。因此临床医生和实验室工作人员必须密切配合，力争获得特异性的病原学诊断。例如尽量取得良好的痰液标本，甚至通过纤支镜作支气管肺泡灌洗(BAL)和保护性标本刷(PSB)取得免受污染的呼吸道分泌物做检查，以及开展各种新的特异性更高的监测技术，为临床诊疗提供依据。开始经验性应用抗菌药物治疗后，一旦取得病原学诊断资料，就应据此对治疗方案进行调整。而在整个疗程中，亦应随时进行细菌学监测，以了解病情演变过程中的菌群变化及耐药菌出现的可能性。如果仍未能得到病原学诊断结果，则仍需随时综合临床资料，重新审视，随时调整治疗方案。
选用抗菌药物及设计治疗方案尚需考虑病情的严重程度，机体免疫状态以及肺部或全身基础病变，药效学，毒理学和药代学等药理知识。
1.经验性治疗 在缺乏确定病原学和临床资料的情况下，宜选用广谱抗菌药物进行经验性治疗，当前医院获得性肺炎以需氧革兰阴性杆菌感染最为多见，因此宜首先选用对革兰阴性杆菌有杀菌作用的抗菌药物，并根据病情和有关危险因素综合判断，考虑单独或联合治疗方案。例如昏迷，头部创伤，近期流感病毒感染，糖尿病，肾衰等患者发生NP，以金黄色葡萄球菌感染机会较多，长期住ICU，长期应用糖皮质激素，先期抗生素应用，支气管扩张症，粒细胞缺乏和晚期AIDS者以铜绿假单胞菌多见，而腹部手术后或吸入性因素可能者，应考虑厌氧菌感染。
(1)轻、中度医院获得性肺炎：常见病原为肠杆菌科细菌，流感嗜血杆菌，肺炎链球菌，甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)等，可选择第二、三代头孢菌素类(不必包括具有抗假单胞菌活性者)，如头孢呋辛(Cefuroxime)，头孢噻肟(Cefotaxime)，头孢曲松(Ceftriaxone)和头孢地嗪(Cefodizime)，或β内酰胺酶类/β内酰胺酶抑制剂，如氨苄西林/青霉烷胺(Ampicillin/sulbactum)或(coamoxilline)，青霉素过敏者选用氟喹诺酮类，如氧氟沙星(Ofloxacin)，环丙沙星(Cyrofloxacin)和左氧氟沙星(Levofloxacin)，及其他新喹诺酮类以及单胺类，如氨曲南(Azotreonam)等。
由于患者往往已用过抗菌药物治疗，耐药菌发生率高，部分病原菌呈多种耐药性，故多考虑联合治疗方案，如氨基青霉素(Aminopenicillin)加氟氯西林(Flucloxacillin)或萘夫西林(Nafcillin)，又如第二、三代头孢菌素联合氨基糖苷类或氟喹诺酮类。氨基糖苷类抗菌谱广，杀菌作用迅速，并有很好的协同作用，但呼吸道分泌物和肺组织渗透性差，且疗效/毒性比低，用药安全性差，故其临床应用价值有不同意见。喹诺酮类抗生素近年有很多发展，对革兰阴性杆菌感染有效，但左氧氟沙星，以及第三、四代喹诺酮类如司氟沙星。