质谱法
原则上，添加到引物末端的核苷能够直接依据质量，利用通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectroscopy，MALDI-TOFMS）直接检测出来，这是一种不需标记的方法。单碱基延伸产物质谱结果能够显示所添加的核苷。
MALDI-TOFMS需要大型设备，但因为高度多路技术和高通量分析，这种方法的成本只为0.03美元/单突变，只是备的成本限制了其普及。MALDI-TOFMS还能实现利用非常少量的DNA的超高通量分析。最主要的MALDI-TOFMS平台是Sequenom的MassArray 基因分型系统。
忠告
一次基因分型分析所能够检测的遗传突变的数量正在快速增长，比如能进行全基因组联合研究的微点隈杂交（Hybridization to microarrays）。虽然实验过程比较简单，但对于有多个旁系同源体的基因或相关的假基因，不能简单地相信自动分析仪或者微列阵得到的结果。研究它们的突变，首先要对这些片段进行选择性扩增和基因分型，基因的数量无关紧要，而且，单核苷酸多态性只代表了基因组突变的80%。还有要牢记一点：全基因组相关性研究并不是检测全基因组。